Pero con un marcador global de 3-3 y por haber obtenido una mejor posición en la tabla general lograron avanzar a la final del Clausura 2009. Al día siguiente el Pachuca logró avanzar a la final perdiendo también en casa 2 – 3 ante Indios de Ciudad Juárez. Venció en la primera ronda a Sacramento Gold de Estados Unidos con global 3-0, después eliminó a Cruz Azul con global 4-1. En la ronda final a disputarse mediante un triangular, conquistó su primer título internacional, luego de vencer 3-0 a SV Robinhood en el Olímpico Universitario el 8 de febrero y 2-0 a Broncos UNAH de Honduras en Tegucigalpa el 12 de febrero.